洁净室对室内温度、湿度、压力和清洁度要求较高，要求在通风系统的帮助下，将处理后的空气持续输入室内，以确保洁净室的所有指标均在规定范围内。洁净室暖通系统有集中和分散两种类型。集中空调系统具有相对集中的冷热源和相对简单的各项指标控制，目前主要用于大型集群式洁净室。分布式空调系统更适合于局部洁净室的空气处理。空气净化处理主要通过放置在出风口的各种过滤器或净化装置来实现，如风机过滤装置（FFU）。